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短程蒸馏器还适合于进行分子蒸馏。分子流直接从加热表面到冷凝器的表面。分子蒸馏的过程可分为四个步骤：

1、分子从液体主体扩散到蒸发表面。

一般来说，液相扩散速率是控制分子蒸馏速度的主要因素，因此应减小液体层的厚度，加强液体层的流动。

2、分子在液体层表面的自由蒸发。

蒸发速率随温度的升高而升高，但分离系数有时随温度的升高而降低。因此，应根据加工材料的热稳定性选择经济合理的蒸馏温度。

3、分子从蒸发表面的表面飞到冷凝表面的表面。

蒸汽分子在向冷凝表面蒸发的过程中可能相互碰撞，并可能与留在两侧的空气分子发生碰撞。由于蒸发分子比空气分子重得多，并且它们大部分具有相同的运动方向，它们自身的碰撞对飞行方向和蒸发速率几乎没有影响。残余分子在两侧都处于混沌运动状态，因此残余分子的数量是影响蒸发方向和速度的主要因素。

4、分子在冷凝表面上冷凝。

只要冷热两侧有足够的温差（一般为70～100℃），冷凝表面是合理的，光滑的，可以认为冷凝步骤可以瞬间完成，因此选择合理的形式是非常重要的。聚光电容器